สถานะหน่วยงานเป็นหน่วยงานของรัฐ จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติสภาเกษตรกรแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๕๓ ไม่เป็นส่วนราชการหรือรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณหรือกฎหมายอื่น มี ผู้บริหารสูงสุดคือเลขาธิการสภาเกษตรกรแห่งชาติ ตามพระราชบัญญัติสภาเกษตรกรแห่งชาติ มาตรา ๒๒ แต่งตั้งโดยประธานสภาเกษตรกรแห่งชาติ งบประมาณองค์กรมาจากเงินอุดหนุนของรัฐบาลตาม พระราชบัญญัติสภาเกษตรกรแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๕๓ มาตรา ๒๙ บุคลากรสำนักงานสภาเกษตรกรแห่งชาติ/สำนักงานสภาเกษตรกรจังหวัด มีสถานะเป็นพนักงาน เจ้าหน้าที่หน่วยงานของรัฐ มิใช่ข้าราชการ มีเลขาธิการสภาเกษตรกรแห่งชาติเป็น ผู้บังคับบัญชา เจ้าหน้าที่ของสำนักงานสภาเกษตรกรทุกระดับ
การบริหารจัดการองค์กร สำนักงานสภาเกษตรกรจังหวัด มีหัวหน้าสานักงานสภาเกษตรกรจังหวัดเป็นผู้บังคับบัญชาพนักงานและลูกจ้าง และรับผิดชอบการบริหารงานของสำนักงานสภาเกษตรกรจังหวัด ให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ ระเบียบ ข้อบังคับ และนโยบายที่สภาเกษตรกรแห่งชาติกำหนด ทั้งนี้ ภายใต้การบังคับบัญชาของเลขาธิการสภาเกษตรกรแห่งชาติ และการกำกับดูแลของประธานสภาเกษตรกรจังหวัด